Aunque no forman parte del ecosistema marino propiamente dicho es importante la población de aves acuáticas que viven en las marismas y acantilados costeros, y su dependencia con el mar es absoluta.
Las aves son vertebrados que tienen el cuerpo cubierto de plumas, sus esqueletos son muy ligeros y ello les permite volar, lo que les da una enorme ventaja frente a los depredadores. Existen aves que pescan en las marismas gusanos, bivalvos y pequeños pececillos, para ello cuentan con paras palmeadas y un largo pico para excarvar.

Sula bassana, el alcatraz es un ave de alta mar de 90 cm de largo que se zambulle en el mar y bucea para capturar peces en bancos. Anida en acantilados totalmente inaccesibles.

Phalacrocorax sulcirostris, el cormorán común es una de las aves más comunes en las costas, al igual que el anterior se zambulle y bucea en el mar en busca de peces, aunque no se aventura en alta mar, más bien todo lo contrario, se le ve bastante en los estuarios y remonta bastante los ríos, tolerando incluso al hombre y la contaminación. Al salir del agua los cormoranes extienden sus alas para secarse. P. aristotelis es el cormorán moñudo, una especie muy rara que en el Cantábrico sólo se conocen pequeñas poblaciones en la costa N de Galicia y en Ogoño (Vizcaya).
Ardea cinerea, la garza real es un ave que remonta estuarios y es resistente a la contaminación y las grandes urbes, prefiere las zonas tranquilas del estuario para capturar pequeños peces, anida en la vegetación de marisma.
Larus argentatus, la gaviota argéntea es un ave omnipresente sobre todo en los puertos, donde se alimenta de pescado muerto y basuras de los barcos de pesca, son aves muy territoriales y no toleran otras aves de distinta especie.



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